ينفرد المركز الوطني للتصديق الرقمي بتشغيل وإدارة مركز التصديق الجذري السعودي. حيث يعتبر المركز الجذري مركز الثقة في البنية التحتية للمفاتيح العامة، ويتمتع هذا المركز المصدق ذاتياً بدرجة عالية من الحماية والأمان حيث يعمل في بيئة معزولة.